Υπάρχει μία προφανής σχέση μεταξύ γυναικείων ορμονών και ημικρανίας.  Πριν από την εφηβεία, η ημικρανία είναι περίπου εξίσου συχνή στα κορίτσια και τα αγόρια. Μετά από την εμφάνιση της εμμήνου ρύσης, η ημικρανία είναι αρκετά πιο συχνή στο θηλυκό φύλο.

Πράγματι, η πλειονότητα των ασθενών με ημικρανία που προσέρχεται σε ένα ειδικό ιατρείο κεφαλαλγίας είναι γυναίκες, που μάλιστα συχνά αναφέρουν μία επίδραση του εμμηνορροϊκού κύκλου τους στην ημικρανία τους. Για ορισμένες γυναίκες, οι περισσότερες κρίσεις ημικρανίας τους εμφανίζονται λίγο πριν, κατά τη διάρκεια ή λίγο μετά την έμμηνο ρύση τους. Οι γυναίκες αυτές λέμε ότι έχουν  καταμήνια ημικρανία .

Οι κρίσεις καταμήνιας ημικρανίας θεωρείται πως έχουν μεγαλύτερη ένταση και διάρκεια, αλλά και φτωχότερη ανταπόκριση στη θεραπεία, από άλλες κρίσεις ημικρανίας, που βρίσκονται μακριά από την έμμηνο ρύση.

Υπάρχουν συγκεκριμένες θεραπευτικές στρατηγικές, με χρήση των οποίων γυναίκες με καταμήνια ημικρανία μπορούν να δουν μεγάλη βελτίωση. Πιο συγκεκριμένα, μπορεί να προταθεί η προληπτική λήψη προφυλακτικής θεραπείας με μία τριπτάνη ή με ένα μη στεροειδές αντιφλεγμωνώδες φάρμακο για το διάστημα των 5-8 ημερών, στο οποίο αναμένεται να συμβούν οι κρίσεις της καταμήνιας ημικρανίας.

Κατά τη διάρκεια της εγκυμοσύνης η ημικρανία τείνει να βελτιώνεται στις περισσότερες γυναίκες, τόσο σε συχνότητα, όσο και σε ένταση. Ειδικά μετά το πρώτο τρίμηνο της κύησης, η ημικρανία μπορεί να είναι τόσο ήπια που να μην αποτελεί πρόβλημα. Στις γυναίκες που έχουν ύφεση κατά τη διάρκεια της κύησης, οι ημικρανίες συνήθως επανέρχονται κατά τη λοχεία, μερικές φορές και αμέσως μετά από τη γέννηση.

Στις περισσότερες γυναίκες η ημικρανία βελτιώνεται, συχνά εντυπωσιακά, κατά την εμμηνόπαυση, κάτι που ισχύει ιδιαίτερα για τις γυναίκες που είχαν προηγουμένως καταμήνια ημικρανία.

Ωστόσο, στην περιεμμηνοπαυσιακή περίοδο, οι διακυμάνσεις των ορμονών μπορεί να είναι μεγάλες και για αυτό μπορεί σε αρκετές γυναίκες να παρατηρηθεί έξαρση των ημικρανιών τους. Οι προφυλακτικές θεραπείες με φάρμακα όπως η τοπιραμάτη, η αμιτρυπτιλίνη και η προπρανολόλη αποτελούν πολύ καλή λύση για γυναίκες με έξαρση των ημικρανιών τους στην περιεμμηνοπαυσιακή περίοδο.