∆εν ισχύει όµως το ίδιο για πισίνες ή για λίµνες. Καθώς αυτά τα νερά είναι πιο στάσιµα υπάρχει κίνδυνος εκκόλαψης µικροοργανισµών, οι οποίοι µπορούν να µεταφερθούν στους φακούς επαφής και ανάλογα στον κερατοειδή προκαλώντας πιθανόν κάποιες σοβαρές λοιµώξεις.

Η πιο σοβαρή λοίµωξη από πισίνες, λίµνες και γενικά στάσιµα νερά είναι αυτή της ακανθαµοιβάδας. Η ακανθαµοιβάδα δεν είναι µικρόβιο είναι πρωτόζωο, ένας µικρός δηλαδή οργανισµός ο οποίος ζει σε στάσιµα νερά και µπορεί να επιµολύνει τους φακούς επαφής και τον κερατοειδή αν χρήστες φακών επαφής κολυµπούν στα νερά της πισίνας και ανοίγουν τα µάτια φορώντας τους φακούς τους. Βέβαια η γνώση και αντιµετώπιση της ακανθαµοιβάδας τα τελευταία 10 χρόνια έχει προωθήσει πολύ καλύτερης αποτελεσµατικότητας χηµικά για τον καθαρισµό των πισίνων και το κίνδυνος έχει µειωθεί σηµαντικά. Παρά ταύτα δεν συνίσταται η χρήση φακών επαφής στο κολύµπι στην πισίνα ή σε λίµνες όπως επίσης δεν συνίσταται η πλύση των φακών επαφής µε νερό της βρύσης για τον προαναφερθέντα κίνδυνο.

Οι χρήστες των φακών επαφής πρέπει να έχουν υπόψη τους, µετά από την χρήση τους σε θαλασσινό νερό, ότι επειδή το θαλασσινό νερό έχει περισσότερο αλάτι από την επιφάνεια των δακρύων, αφυδατώνει τους φακούς επαφής και τους κάνει να αγκαλιάζει πιο σφιχτά τον κερατοειδή. Αυτό φέρει ένα µικρό κίνδυνο του ότι αν αφαιρεθούν οι φακοί επαφής αµέσως µόλις βγούµε από την θάλασσα µπορεί αυτό να προκαλέσει κάποιο επιθηλιακό έλλειµα στον κερατοειδή, κάποια δηλαδή «γρατζουνιά» στον κερατοειδή. Άρα βγαίνοντας από την θάλασσα πρέπει να µείνουµε µε τους φακούς επαφής τουλάχιστον για 10-15 λεπτά έτσι ώστε να επανέλθει η οσµωτική ισορροπία των φακών και των δακρύων.