Παρόλο, που όλοι οι ουρολόγοι εκπαιδεύονται σε όλες τις παθήσεις του ουροποιογεννητικού συστήματος, η πρόοδος της επιστήμης και η μεγάλη εξειδίκευση που υπάρχει, αλλά και η σπανιότητα ορισμένων παθήσεων, είχαν ως αποτέλεσμα να δημιουργηθούν ορισμένες υποειδικότητες της ουρολογίας, στις οποίες εξειδικεύονται οι ουρολόγοι.

Αυτές είναι η ανδρολογία, που ασχολείται με την υπογονιμότητα και την ανικανότητα, η παιδιατρική ουρολογία, που ασχολείται με τις παθήσεις των παιδιών, η εφηβική ουρολογία, που ασχολείται με τα προβλήματα των παιδιατρικών ασθενών, όταν αυτοί μπαίνουν στην εφηβεία και η ενδοσκοπική ουρολογία, που ασχολείται με την αντιμετώπιση των παθήσεων, κυρίως λιθιάσεων με τη βοήθεια εργαλείων και τηλεσκοπίων, που λειτουργούν μέσα στις κοιλότητες του ουροποιητικού συστήματος, ώστε να αποφεύγονται μεγάλες επεμβάσεις.

Ακόμη η γυναικολογική ουρολογία, που ασχολείται με τα προβλήματα της ουροδόχου κύστεως και της ουρήθρας των γυναικών και κύρια με τις ακράτειες ούρων και τις επιπλοκές των γυναικολογικών επεμβάσεων, η νευροουρολογία, που ασχολείται με τα ουρολογικά προβλήματα των ασθενών με νευρολογικές παθήσεις, η ογκολογική ουρολογία, που ασχολείται με τα καλοήθη και κυρίως με τα κακοήθη νεοπλάσματα του ουροποιογεννητικού και η ουρολογία των νεφρικών μεταμοσχεύσεων.

Νέες υποκατηγορίες των παραπάνω προκύπτουν ολοένα με την πρόοδο της επιστήμης και η εξειδίκευση μπορεί να προχωρεί ακόμη και σε επίπεδο μεμονωμένων παθήσεων, όπως π.χ. καρκίνος προστάτη.